慢性乙型肝炎的自然过程有HBe血清转换，慢性乙型肝炎的自然史是由病毒和宿主双方面的诸多因素所决定。
慢性乙型肝炎的发展可分三个阶段：
（1）HBeAg(+)期由免疫耐受至免疫活动，相应的血清ALT逐渐增高，肝组织病变逐渐明显。
（2）在HBe转换期间，ALT波动较剧烈，肝组织病变最明显，是免疫清除时期，血清HBV DNA水平逐渐降低。
（3）血清抗HBe转换后的早期，低水平的病毒血症仍能以PCR检出，而后逐渐消失，ALT稳定正常，肝组织非活动性病变，是慢性HBV感染的恢复期。
因而，在HBV感染自然史中HBe血清转换可能是一个转折点。在病变明显活动的慢性乙型肝炎，HBe血清年转换率可能超过20％。初诊HBeAg(+)的慢性乙型肝炎观察5年，HBeAg持续阳性的不会超过30%；抗原开始阴转、抗体尚未出现的HBe状态可不稳定，约20％可来回变化。
HBeAg反映感染的病毒状态，故决定感染的自然史；在病毒变异、重叠病毒感染等，HBe血清转换就不是感染自然史的转折点。
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